第一，这种系统建成的网站均为固定的模板，布局相对死板，网站根本不具备任何个性或特色之处，体现不出企业自身优势与企业的特色。
第二，使用这种系统制作网站的公司都是不提供独立的网站空间跟独立的网站管理系统的，这就意味这网站不能搬迁，不能独立管理代码，只能跟成千上百个“同胞兄弟”一样挤在一台服务器上，有很大的安全隐患。
第三，自助建站有个最大的弊端就是不能实现个性化定制，由于源码不对客户公开，客户就不能按照自己的意愿来灵活的增减网站功能，更不能随意的编辑网站模板。
第四，自主建站系统对搜索引擎来讲，由于源代码的过于臃肿、模板风格的千篇一律，代码非常之不规范，这些对搜索引擎来说都是不友好的问题，自然在搜索引擎中不能获得很好的关键词排名，直接背离了大多数企业制作网站的根本意图，这也不符合一个提供网站建设服务的互联网公司的服务理念与服务宗旨。
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